明朝为加强对地方的控制，明太祖朱元璋废除元代的行中书省，既而又罢中书省。改路为府，更置州县，以诸府直隶六部。洪武十五年（1382年）在云南设立三司：（1）承宣布政使司，执掌全省政务，领诸府州县司；（2）都指挥使司，执掌全省军务，领诸卫所；（3）提刑按察使司，执掌全省刑名按劾之事。三司并立，凡有大事均由三司会商，在内地以建立一般性政权（府、州、县）为主，专设流官或以流官为主，土官 为辅的土流并治政权；在边远地区则建立宣慰司、长官司，以及名为“御夷”的府州，全由土司管辖。这种土流兼治、府卫参设的政治措施，是明代云南土司制度的一项重要内容，对于巩固明朝对云南的统治，具有十分重要的意义。

　　17世纪中叶，全国的农民革命运动风起云涌，冲击了腐朽的明王朝。清顺治四年（1647年）三月，张献忠领导的大西军余部五六万人在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军的率领下进入云南，四月至昆明，迅速平定沙定洲叛乱以及各地与大西军为敌的地主武装，到了秋天，大西军基本平定云南。随即以云南为基地，在“抗清扶明”的旗帜下，建立抗清的农民起义政权，称王建制，营造宫殿王府，并改云南省为云兴省，云南府为昆明府，昆明且为昆海县。1656年拥立永历帝，继续开展抗清斗争。顺治十四年（1658年）十二月，清廷命洛托、吴三桂、卓布太率军分三路进攻昆明。1662年2月吴三桂将永历帝及其子绞死在昆明金蝉寺（在今华山西路利昆巷），6月李定国病逝开发边疆。

　　经济方面，明王平定云南后，即在地区普遍实行“军屯”、“民屯”和“商屯”等恢复发展生产的措施，从内地大批地征调军队和组织民力到云南建立卫所，史载明初云南都司所领二十卫、三御、十八所，共有133个千户所，驻云南卫军约有148960人，卫所屯田遍布各地，军户占总人口的71％强，改变了长期以来汉少夷多的状况，汉族人户成为居民的主要成分。到万历年间，军屯人数已达29万人（包括旗军、屯军、舍丁、军余），军屯田土地面积约130多万亩。由于几十万汉族军民来到云南，大量的劳动力，先进的生产工具和技术，优良的农作物品种，也同时带到了云南，从而对云南社会经济发展产生了深远的影响。这个时期，云南的生产有了较大进步，生产技术有了显著提高，手工业和商业也有了迅速的发展。这为加速封建农奴制的解体，促进封建地主经济的发展创造了条件。在手工业中，特别是云南的矿冶业，由于两千多年的生产经验积累，加之封建统治者的巨大需求，到了明代，其生产技术已提高到新的水平，云南银铜产量居全国首位。《天工开物》中说，全国浙、闽、赣、豫等省盛产银，以云南为最，“合浙江等八省所产，不敌云南之半”。成化十九年（1483年），云南银课十万零二千三百余两，为全国银课总额十八万三千两的一半以上。冶铜方面，昆明至今尚存的明永乐二十一年（1423年）所铸的二万四千斤重的大洪钟和以后所建的金碧辉煌的金殿，足以说明当时云南冶铜的规模和工艺水平。

　　清朝对云南的统治确立后，随即在民族地区推行“听民开采而官收其税”的政策，又有较大的发展，铜、银、锡的产量均有大幅度的增长。东川、易门、路南、永北（今永胜）的铜，鲁甸、白羊（今宾川牛井）、永盛（今云龙）、茂隆（今沧源）的银，个旧的锡，罗平、建水等地的铅都负盛名。自乾隆八年（1743年）于嘉庆七年（1802年）的60年中，滇铜的平均年产量均超过1000万市斤以上，最高年产达到1400多万市斤，位居全国之冠。这个时期，资本主义已在云南的矿冶业中开始萌芽。